Pajek: Análisis y visualización de comunidades (2/2)

Visualizando Comunidades

Parte 2/2

Pajek

2. Visualizando comunidades usando 2D Pivot MDS

El algoritmo de diseño rápido Pivot MDS se implementa en Pajek 3.03 o posterior.
El Pivot MDS nos permite visualizar redes mucho más grandes que los springs embedders.
Redes que contienen aprox. 100.000 vértices se pueden visualizar en pocos segundos.

Secuencia de pasos en Pajek

Visualizando usando pivotes aleatorios (sin tomar en cuenta a las comunidades)

 Ejecute Layout/Pivot MDS/Random Pivots/2D para el diseño en un plano.
En el caso de redes grandes (y pantallas pequeñas), las comunidades obtenidas ocupan un área demasiado amplia. Podemos aplicar Options/Transform/Resize Cluster Area con un factor de tamaño menor a 1 (0.1 parece estar bien) para hacerlo más pequeño.

Diseño obtenido (25069 vértices, 100 pivotes aleatorios, tiempo necesario para calcular el diseño = 1 segundo)

Diseño obtenido (25069 vértices, 500 pivotes aleatorios, tiempo necesario para calcular el diseño = 15 segundos)

Diseño obtenido (25069 vértices, 500 pivotes aleatorios, líneas ocultas)

Diseño obtenido (25069 vértices, 500 pivotes aleatorios, líneas ocultas, ampliación)

Visualizar usando pivots computados (tomando en cuenta a las comunidades)

Pero podemos mejorarlo teniendo en cuenta las comunidades obtenidas por el método de Louvain. En lugar de tomar pivotes aleatorios, podemos usar representantes de las comunidades como pivotes. En nuestro caso, obtuvimos 500 comunidades, y podemos seleccionar aleatoriamente un vértice de cada comunidad para su representante:
Aplicar Partition/Make Cluster/Random Representatives of each Cluster en la partición de la comunidad obtenida.
Como resultado obtenemos un nuevo Cluster con 500 vértices (representantes de la comunidad).
Luego calcule el diseño ejecutando: Layout/Pivot MDS/Pivots from Cluster/2D
Finalmente aplique Options/Transform/Resize Cluster Area para reducir el área de clusters.

Diseño obtenido (25069 vértices, 500 representantes de la comunidad como pivotes, tiempo necesario para calcular el diseño = 16 segundos)

Diseño obtenido (25069 vértices, 500 representantes de la comunidad como pivotes, líneas ocultas)

Diseño obtenido (25069 vértices, 500 representantes de la comunidad como pivotes, líneas ocultas, ampliación)

3. Visualizar comunidades usando 3D Pivot MDS

Descargar archivo de red de muestra (15606 vértices, 45878 enlaces).

Aplique

• Layout / Pivot MDS / Random Pivots / 3D usando diferentes números de pivotes aleatorios
• Layout/Pivot MDS/Pivots from Cluster/3D usando representantes de la comunidad como pivotes

Diseño 3D obtenido (15606 vértices, 5 pivotes aleatorios, tiempo necesario para calcular el diseño = 0 segundos)

Diseño 3D obtenido (15606 vértices, 10 pivotes aleatorios, tiempo necesario para calcular el diseño = 0 segundos)

Diseño 3D obtenido (15606 vértices, 100 pivotes aleatorios, tiempo necesario para calcular el diseño = 0 segundos)

Diseño 3D obtenido (15606 vértices, 500 pivotes aleatorios, tiempo necesario para calcular el diseño = 8 segundos)

Diseño 3D obtenido (15606 vértices, 1097 representantes de la comunidad como pivotes, tiempo necesario para calcular el diseño = 35 segundos)