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jueves, 4 de junio de 2020

Simulando el distanciamiento social óptimo post-cuarentena

Estrategias de distanciamiento basadas en redes sociales para aplanar la curva COVID-19 en un mundo posterior a la cuarentena


Per Block Marion Hoffman, Isabel J. Raabe, Jennifer Beam Dowd, Charles Rahal, Ridhi Kashyap &
Melinda C. Mills
Nature Human Behaviour (2020)
DOI : https://doi.org/10.1038/s41562-020-0898-6



Resumen

El distanciamiento social y el aislamiento se han introducido ampliamente para contrarrestar la pandemia de COVID-19. Las consecuencias sociales, psicológicas y económicas adversas de un cierre total o casi completo exigen el desarrollo de políticas más moderadas de reducción de contactos. Adoptando un enfoque de red social, evaluamos la efectividad de tres estrategias de distanciamiento diseñadas para mantener la curva plana y ayudar al cumplimiento en un mundo posterior al cierre. Estos son: limitar la interacción a unos pocos contactos repetidos similares a formar burbujas sociales; buscando similitud entre los contactos; y el fortalecimiento de las comunidades a través de estrategias triádicas. Simulamos curvas de infección estocásticas que incorporan elementos centrales de modelos de infección, modelos de redes sociales de tipo ideal y modelos estadísticos de eventos relacionales. Demostramos que una reducción estratégica del contacto basada en la red social mejora en gran medida la efectividad de las medidas de distanciamiento social al tiempo que mantiene los riesgos más bajos. Proporcionamos evidencia científica para el distanciamiento social efectivo que se puede aplicar en los mensajes de salud pública y que puede mitigar las consecuencias negativas del aislamiento social.

Introducción

La intervención no farmacéutica del distanciamiento social es una política clave para reducir la propagación de COVID-19 manteniendo la distancia física y reduciendo las interacciones sociales1. El objetivo es disminuir la transmisión y la tasa de crecimiento de las infecciones para evitar sobrecargar los sistemas de salud, un enfoque ampliamente conocido como aplanamiento de la curva2. Las medidas comunes de distanciamiento social son la prohibición de eventos públicos, el cierre de escuelas, universidades y lugares de trabajo no esenciales, la limitación del transporte público, las restricciones de viaje y movimiento, y la limitación de las interacciones físicas.

Las intervenciones de distanciamiento social durante brotes anteriores (por ejemplo, durante el SARS-CoV (coronavirus del síndrome respiratorio agudo severo) en 2003) a menudo se han basado en recomendaciones de expertos en lugar de evidencia científica3. La investigación existente ha evaluado principalmente restricciones de viaje, cierre de escuelas o vacunas4,5. La cancelación de reuniones públicas y la imposición de restricciones de viaje disminuyen las tasas de transmisión y morbilidad6, con evidencia mixta sobre la eficacia del cierre de escuelas7. Prácticamente no existe investigación sobre estrategias basadas en el conocimiento de los individuos de su entorno social, sin embargo, las intervenciones solo son efectivas cuando el público las considera aceptables8. Pocos han considerado las redes sociales, o si lo hicieron fue en relación con las vacunas9, el rastreo de contactos o el análisis de la propagación del virus8,10.

Dado que la mayoría de las facetas de la vida económica y social requieren contacto de persona a persona, la reducción estratégica de los contactos es favorable para el aislamiento completo. El aumento del contacto también puede contrarrestar los costos sociales, psicológicos y económicos negativos de poner en cuarentena a las personas durante períodos prolongados de tiempo y evitar la fatiga del cumplimiento11. Para lograr este objetivo, proponemos estrategias basadas en la red de comportamiento para la reducción selectiva de contactos que cada individuo y organización puede comprender, controlar y adoptar fácilmente. Aplicando conocimientos de la ciencia de redes sociales y estadísticas, demostramos cómo las configuraciones de red cambiantes de las opciones de contacto de los individuos y las rutinas organizacionales pueden alterar la tasa y la propagación del virus al proporcionar pautas para diferenciar entre los contactos de alto y bajo impacto para la propagación de la enfermedad. Introducimos y evaluamos tres estrategias (contacto con personas similares; fortalecimiento del contacto en las comunidades; e interacción repetida con las mismas personas en burbujas) que dependen de menos confinamiento y permiten el contacto social estratégico sin dejar de aplanar la curva. Nuestro enfoque equilibra las preocupaciones de salud pública con las necesidades sociales, psicológicas y económicas de interacción interpersonal.

El aplanamiento de la curva (infección) opera para disminuir el número de individuos infectados en el punto álgido de la epidemia, al distribuir la incidencia de casos en un horizonte de tiempo más largo2. Esto se logra en gran medida al reducir el número de reproducción (R), que representa la cantidad de individuos infectados por cada portador. Las políticas de distanciamiento social están implícitamente diseñadas para lograr esto limitando la cantidad de contacto social entre los individuos. Al introducir un enfoque de red social, proponemos que se pueda lograr una disminución de R simultáneamente administrando la estructura de red de contacto interpersonal.

Desde una perspectiva de red social, la forma de la curva de infección está estrechamente relacionada con el concepto de distancia de red (o longitudes de ruta) 12, que indica el número de pasos de red necesarios para conectar dos nodos. Los ejemplos populares de distancia de red incluyen los seis grados de fenómeno de separación13, que afirma que dos personas están conectadas a través de un máximo de cinco conocidos.

La relación entre las curvas de infección y la distancia de la red se puede ilustrar con un modelo simple de infección de red (Fig. 1). La Figura 1a, c representa dos redes con diferentes longitudes de ruta, cada una con un nodo de semilla COVID-19 hipotéticamente infectado (cuadrado púrpura). En cada paso de tiempo, la enfermedad se propaga desde los nodos infectados a cada nodo al que están conectados; así, en el primer paso, la enfermedad se propaga desde el nodo semilla a sus vecinos directos. En el segundo paso, se propaga a sus vecinos, que están a una distancia de red 2 del nodo semilla, y así sucesivamente. Con el tiempo, el virus se mueve a lo largo de los lazos de red hasta que todos los nodos estén infectados. El ejemplo muestra que la distancia de red de un nodo desde la fuente de infección (indicado por el color del nodo en la Fig. 1a, c) es idéntico al número de pasos de tiempo hasta que el virus lo alcanza. La distribución de las distancias de red a la fuente, por lo tanto, se asigna directamente a la curva de nuevas infecciones (Fig. 1b, d).





a – d, Dos redes de ejemplo (ayc) tienen el mismo número de nodos (individuos) y lazos (interacciones sociales) pero diferentes estructuras (longitudes de ruta más cortas en ay longitudes de ruta más largas en c), lo que implica diferentes curvas de infección ( byd, respectivamente). Los vínculos en negrita resaltan la ruta de infección más corta desde la fuente de infección hasta el último individuo infectado en las redes respectivas. El color del nodo de red indica en qué paso se infecta un nodo y se asigna a los colores de las barras de histograma.


En nuestro ejemplo, ambas redes tienen el mismo número de nodos (individuos) y bordes (interacciones); sin embargo, la red representada en la Fig. 1c tiene una curva de infección mucho más plana que la red representada en la Fig. 1a, a pesar de que todos los nodos finalmente se infectan en ambos casos. Esto se debe a que la última red tiene longitudes de ruta más largas que la anterior. En otras palabras, existe una mayor distancia de red entre los individuos debido a una estructura de interacción diferente, a pesar de la misma prevalencia de contacto absoluto. Al adoptar una perspectiva de red, aplanar la curva es, por lo tanto, equivalente a aumentar la longitud de la ruta de un individuo infectado a todos los demás, lo que se puede lograr mediante la reestructuración del contacto (además de la reducción general del contacto). En consecuencia, un objetivo del distanciamiento social debería ser aumentar la distancia promedio de la red entre los individuos mediante la manipulación inteligente y estratégica de la estructura de las interacciones. Nuestra ilustración muestra un camino viable para mantener plana la curva COVID-19 mientras se permite cierta interacción social: debemos idear estrategias de interacción que hagan que las redes de la vida real se parezcan más a la red en la Fig. 1c, y menos a la red en la Fig. 1a .

Proponemos una serie de estrategias sobre cómo las personas pueden tomar decisiones locales para lograr este objetivo. Comprender qué tipos de estrategias de reducción de contacto dirigida y distanciamiento social son más eficientes para aumentar la longitud de la ruta y aplanar la curva puede informar cómo pasar de la gestión a corto plazo (bloqueo completo) a la gestión a largo plazo de los procesos de contagio COVID-19. Las estrategias de reducción de contactos que proponemos se basan en ideas sobre cómo los elementos fluyen a través de redes, como enfermedades, memes, información o ideas14,15,16,17. Dicha extensión generalmente se ve obstaculizada cuando las redes consisten en grupos densamente conectados con pocas conexiones intermedias (como los individuos que viven en aldeas aisladas dispersas en áreas rurales dispersas18). En contraste, los contactos que cubren grandes distancias están relacionados con caminos cortos y una rápida propagación. Por ejemplo, cuando los viajeros viajan entre estas aldeas aisladas, las distancias de la red disminuyen sustancialmente14,18. Con este conocimiento, podemos evitar el contagio rápido al fomentar estrategias de distanciamiento social que aumenten la agrupación y reduzcan los atajos de la red para obtener el mayor beneficio de reducir el contacto social y limitar al mínimo la propagación de enfermedades. Proponemos tres estrategias destinadas a aumentar la agrupación en red y eliminar los atajos.

En la figura 2, describimos los principios de las estrategias propuestas. La figura 2a muestra una red en la que las comunidades densamente conectadas se unen mediante lazos aleatorios de largo alcance. Este tipo de red representa las características principales de las redes de contacto del mundo real14 y se conoce comúnmente como una red de mundo pequeño18. Dentro de las comunidades, los individuos son similares entre sí (como lo indica el color de su nodo) y las comunidades adyacentes están geográficamente cercanas (como lo indica la ubicación del nodo). Cuanto más lejos están dos grupos en la figura, más lejos viven uno del otro y más diferentes son sus miembros. La Figura 2a – d ilustra las estrategias de reducción de contacto sucesivas y dirigidas, mientras que el gráfico de barras muestra la distribución de distancias de todos los individuos desde una de las dos fuentes de infección destacadas.



a – d, basado en una red inicial de mundo pequeño (a), las redes de ejemplo se mapean en base a la eliminación de vínculos con otros que viven lejos (b), eliminando vínculos no integrados que no son parte de triadas o cuatro ciclos (c) o repitiendo en lugar de extender el contacto (d). El color del nodo representa una característica individual, donde la similitud en el color del nodo representa la similitud en esta característica. La ubicación del nodo representa la ubicación geográfica de la residencia. Los vínculos con personas distintas que viven lejos se indican mediante vínculos sustancialmente más largos que el promedio (es decir, con nodos que se colocan a distancia y tienen colores muy diferentes). e, Gráfico de barras que muestra las distancias de red de las fuentes de infección (resaltado en amarillo en a – d) para los diferentes escenarios.


En la primera estrategia (buscar similitud; comparar Fig. 2a y Fig. 2b), los individuos eligen a sus compañeros de contacto basándose en la similitud de una característica individual predeterminada19,20,21, como aquellos que viven geográficamente cerca (similitud espacial), son miembros de las mismas organizaciones (por ejemplo, departamento en el trabajo) o son similares en características demográficas continuas y muy variables, como la edad. Reestructurar el contacto de esta manera reduce los puentes de red a grupos de otros geográficamente distantes22 y a aquellos con quienes no se comparte ninguna organización o característica; esto contiene la enfermedad en áreas localizadas de la red. Un requisito previo para esta estrategia es que las personas busquen similitudes en una dimensión que facilite la formación de muchos grupos comparativamente pequeños (por ejemplo, en vecindarios u organizaciones pequeñas). La segregación de grandes grupos demográficos, como la segregación étnica o racial, no proporcionaría ningún beneficio medible. Más detalles se discuten en el cuadro 1.

Para la segunda estrategia (fortalecer las comunidades; comparar la Fig. 2b y la Fig. 2c), las personas deben considerar con quién suelen interactuar sus compañeros de contacto. Cuando se reduce el contacto, se debe priorizar la eliminación de lazos no incrustados en triángulos (un triángulo es una configuración de red de individuos i, j y h en la que los tres están conectados entre sí23,24). Por lo tanto, las personas deberían interactuar menos con otras personas que no están en contacto con sus otros compañeros de contacto habituales. Por ejemplo, dos amigos solo deberían encontrarse si tienen muchos otros amigos en común. Mantener el contacto en comunidades cohesionadas caracterizadas por triángulos puede contener propagación de virus en regiones locales de las redes, en lugar de permitir que se propague a comunidades distantes a través de puentes de red25. Esta estrategia se elabora en el recuadro 2.

Para la tercera estrategia (construir burbujas a través del contacto repetido; comparar Fig. 2c y Fig. 2d), las personas deben decidir con quién desean interactuar regularmente y, con el tiempo, restringir la interacción a esas personas. Esto reduce la cantidad de socios de contacto en lugar de la cantidad de interacciones. Esta estrategia de limitar el contacto a muy pocos con interacciones repetidas está en el espíritu de un contrato social con otros para crear burbujas sociales permitiendo solo interacciones dentro del mismo grupo delineadas de común acuerdo. Del mismo modo, los empleadores podrían crear burbujas de empleados o unidades de trabajo contenidas en los departamentos. Estas microcomunidades son difíciles de penetrar para un virus y, lo que es más importante, si la infección se contrae por un contacto, es difícil que el virus se propague mucho más. Los detalles de la estrategia y las comparaciones con la estrategia 2 se presentan en el Cuadro 3.

Ahora demostramos cómo estas tres estrategias de contacto impactan las curvas de infección usando modelos formales de infección estocástica que incorporan elementos centrales de modelos de infección, modelos de red de tipo ideal y modelos estadísticos de eventos relacionales. Primero, nuestro modelo se basa en el modelo clásico de enfermedades26,27 en el que los individuos (actores) pueden estar en cuatro estados: susceptibles; expuesto (infectado pero aún no infeccioso); infeccioso; o recuperado (ya no susceptible). Al comienzo de la simulación, los actores q son infecciosos mientras que todos los demás son susceptibles. Los actores susceptibles pueden quedar expuestos al tener contacto con otras personas infecciosas; si este contacto resulta en contagio se determina probabilísticamente. Una cantidad de tiempo designada después de exponerse, los actores se vuelven infecciosos y luego pasan al estado recuperado.

En segundo lugar, como en muchos modelos anteriores de la dinámica de las epidemias, las probabilidades de contacto en la población son impuestas por una estructura de red que limita las oportunidades de contacto entre los actores28,29,30. Esta red representa el contacto típico que las personas tenían en un mundo anterior a COVID-19 en diferentes llamados círculos sociales19,20,31. Consiste en lazos de red entre individuos que viven geográficamente cerca, individuos que son similares en atributos individuales, como edad, educación o ingresos, e individuos que son miembros de grupos comunes, como hogares e instituciones (incluidas escuelas y lugares de trabajo). Además, la red incluye conexiones aleatorias en la población.

En el tercer componente del modelo, los actores interactúan en momentos discretos con otros de su red personal. Durante estas reuniones, la enfermedad puede transmitirse de actores infecciosos a personas con alteraciones susceptibles. Cabe destacar que, en contraste con otros enfoques de modelado, los actores no interactúan con otros en su red personal con probabilidad uniforme (es decir, al azar). Más bien, son actores decididos que toman decisiones estratégicas sobre los socios de interacción. Las opciones se determinan estocásticamente; Las estrategias aumentan la probabilidad de interactuar con alters específicos, pero no son deterministas. La formulación matemática que determina la elección del contacto sigue los enfoques anteriores utilizados en la evolución de la red32 y los modelos de eventos relacionales33,34. Un diagrama de flujo del modelo se presenta en la figura 4.


Los cuadrados indican pasos de actualización para individuos o para todo el sistema. Las formas de diamante representan decisiones que determinan el paso posterior en la simulación. En la parte iterativa del modelo, se elige un individuo aleatorio i para iniciar interacciones con el contacto de probabilidad π. Cuando se inicia una interacción, se elige un compañero de contacto j con probabilidad p (i → j) siguiendo un modelo de elección multinomial. Si cualquiera de las parejas de interacción es infecciosa y la otra es susceptible, el contagio se produce con probabilidad de infección. Posteriormente, entre todos los individuos en la simulación, aquellos que están en el estado expuesto por más tiempo que Texposure hacen la transición al estado infeccioso y aquellos que están en el estado infeccioso por más que Tinfection se recuperan. Estos pasos recursivos se repiten hasta que todos los individuos estén en el estado susceptible o recuperado. Los colores rojo, verde y amarillo se relacionan estrechamente con los pasos en el modelo SEIR, donde los cuadrados rojos gobiernan la transición de susceptible a expuesto, el cuadrado amarillo gobierna la transición de expuesto a infeccioso, y el cuadrado verde gobierna la transición de infeccioso a recuperado . El cuadrado púrpura representa el paso en el que los individuos eligen estratégicamente a los compañeros de interacción para limitar la propagación de la enfermedad.

Nuestras simulaciones exploran las tres estrategias de interacción que proponemos. Primero, en nuestra estrategia de búsqueda de similitud, los actores eligen interactuar predominantemente con otros que son similares a ellos mismos en función de uno o varios atributos específicos. En segundo lugar, los actores pueden adoptar nuestra estrategia de fortalecimiento de la comunidad y elegir interactuar principalmente con otros que tienen conexiones comunes en la red subyacente. En tercer lugar, adoptando nuestra estrategia de burbuja de contacto repetido, los actores pueden basar sus elecciones en las personas con las que han interactuado fuera de sus contactos anteriores, tanto como emisores como receptores de interacciones (ver Métodos). En nuestros análisis, estas tres estrategias se comparan con un caso de referencia que refleja una estrategia de reducción de contactos ingenua (en la que los individuos reducen la interacción pero eligen al azar entre sus contactos de red) y un modelo nulo que representa el contacto desenfrenado sin distanciamiento. Para hacer comparables las estrategias de interacción, calibramos empíricamente los parámetros del modelo estadístico para que la entropía promedio en la distribución de probabilidad que representa la probabilidad de diferentes opciones de interacción sea idéntica para todas las estrategias (ver Métodos) 35.

Después de un análisis inicial que representa un escenario de referencia de nuestro modelo de enfermedad, presentamos una serie de variaciones en los parámetros de modelado que exploran escenarios alternativos y proporcionan controles de robustez. El escenario de referencia se lleva a cabo con 2,000 actores, y las variaciones y los análisis de robustez se llevan a cabo con 1,000 actores, a menos que se especifique lo contrario.

Estrategia 1

En la primera estrategia, las personas eligen a sus socios de contacto en función de sus características individuales. En general, las personas tienden a tener contacto con otras personas que comparten atributos comunes, como los que se encuentran en el mismo vecindario (geográfico) o aquellos de ingresos o edad similares (sociodemográficos) 19,20,21. La tendencia a interactuar con otros similares se llama homofilia en la literatura sobre redes sociológicas20 y es una característica ubicua y bien establecida de las redes sociales (por lo tanto, usamos los términos "buscar similitud" y "homofilia" indistintamente). Debido a que estamos conectados principalmente con otros similares, el contacto con individuos diferentes tiende a tender un puente hacia comunidades más distantes. Restringir el contacto de uno para que solo entremos en contacto con las ayudas más similares para limitar los puentes de red que reducen sustancialmente las longitudes de ruta de red. Esto implica elegir interactuar con aquellos que son geográficamente próximos (por ejemplo, que viven en el mismo vecindario) o aquellos con características similares (por ejemplo, la edad). La Figura 2b muestra la estructura de la red después de la implementación de esta estrategia de reducción de lazos. El gráfico de barras asociado ilustra que después de esta intervención basada en la red, un número sustancial de nodos se encuentra a una distancia mayor de la fuente de infección. Esta estrategia tendrá éxito cuando la característica o variable que determina que las comunidades puedan asumir una variedad de valores diferentes (categóricos o continuos) para diferentes individuos, promoviendo así la formación de pequeñas comunidades. Una división más amplia, como las de género o etnia, no promete un éxito medible, sino que probablemente exacerbará las consecuencias negativas de las medidas de distanciamiento.

Esta estrategia está respaldada por modelos epidemiológicos, que sugieren que la co-residencia y la mezcla de individuos de diferentes edades (por ejemplo, hogares intergeneracionales) aumentan fuertemente la propagación de enfermedades infecciosas, como COVID-19 (ref. 22). Proporcionando un ejemplo concreto, si las personas solo interactúan con otros en un radio de tres bloques (aumentar la similitud geográfica), serían necesarios más de 30 eventos de transmisión para que un virus viaje 100 bloques. Los lugares de trabajo donde muchas personas se unen podrían, por ejemplo, implementar rutinas para disminuir el contacto entre grupos de diferentes áreas geográficas o grupos de edad.

Estrategia 2

Para la segunda estrategia, los individuos deben considerar con quién suelen interactuar sus socios de contacto. Una característica común de las redes de contacto es el cierre triádico, que se refiere al hecho de que los socios de contacto de un individuo tienden a conectarse ellos mismos19,23,24. La incrustación de corbatas en tríadas es una topología particularmente útil para contener brotes epidémicos. Considere una tríada cerrada de individuos i, j y h. Cuando infecta a j y h, la conexión entre j y h no contribuye a una mayor propagación de la enfermedad; en otras palabras, es un contacto redundante25. Al comparar redes con un número idéntico de conexiones, las redes con vínculos más redundantes tienden a tener longitudes de ruta más largas. En consecuencia, al eliminar el contacto con otros, se debe priorizar la eliminación de lazos no incrustados en las tríadas, ya que estos lazos generalmente disminuyen las longitudes de las rutas. En la práctica, esto significa que el contacto físico debe reducirse con personas que tampoco están conectadas a otros contactos sociales habituales. La Figura 2c ilustra la estructura si se eliminan los lazos que no son parte de triadas cerradas o de cuatro ciclos. En este ejemplo de tipo ideal, esta intervención no solo reduce aún más la distancia de red de muchos nodos de las fuentes de infección, sino que también crea comunidades aisladas que no pueden ser infectadas por el virus.

Estrategia 3

Para la tercera estrategia, las personas deben considerar selectivamente con quién desean interactuar regularmente y, con el tiempo, restringir la interacción a esas personas. Esto reduce el número de compañeros de contacto en lugar del número de interacciones, lo cual es particularmente importante cuando el contacto es necesario para el bienestar psicológico. Aunque esto requiere coordinación, sería difícil que un virus penetrara en las microcomunidades y, lo que es más importante, si la infección fuera contraída por un contacto, sería difícil que el virus se propagara mucho más. Otra implicación de esta estrategia incluye la repetición de la interacción con otros que se superponen en más de un grupo de contacto. Por ejemplo, reunirse con compañeros de trabajo fuera del trabajo para socializar tendrá un impacto menor en la propagación del virus en relación con un grupo separado de amigos, ya que ya existe una posible vía de infección. Tener redes estrechas y consistentes de cuidadores médicos o comunitarios para las personas más vulnerables a COVID-19 (los ancianos y las personas con afecciones preexistentes) limita la cadena de transmisión. Las organizaciones pueden aprovechar esta estrategia estructurando turnos escalonados y agrupados para que las personas tengan contacto físico repetido con un grupo limitado en lugar de dispersarse por toda la organización. La figura 2d ilustra la estructura de red resultante.

Las estrategias 2 y 3 son similares en que se basan en estructuras de red preexistentes. Sin embargo, su diferencia radica en los determinantes de la interacción individual. La estrategia 2 se basa en una estructura de red estable y establecida de relaciones duraderas. Las personas deben considerar qué individuos son miembros de sus grupos habituales (por ejemplo, amigos, familiares y compañeros de trabajo) y qué pares de personas entre sus contactos habituales interactúan entre sí. La estrategia 3 se basa en una decisión estratégica para formar las burbujas más convenientes y efectivas y restringir el contacto dentro de esta burbuja con el tiempo. En este sentido, la estrategia 2 es más fácil de implementar, ya que los individuos pueden moldear sus contactos ellos mismos, mientras que la estrategia 3 requiere una acción coordinada de todos los involucrados en una burbuja determinada.

Resultados

El resultado promedio del escenario de referencia se presenta en la Fig. 4. El eje x representa el tiempo (medido en pasos de simulación por actor) y el eje y muestra el número de individuos infectados en este momento de una población total de 2,000. Las curvas tienen un promedio de más de 40 corridas de simulación. El primer escenario en azul muestra un modelo de interacción nulo o de control en el que no hay distanciamiento social y los actores interactúan al azar. Las otras cuatro estrategias emplean una reducción de contacto del 50% en relación con el modelo nulo y comparan diferentes estrategias de reducción de contacto. La línea negra representa el distanciamiento social ingenuo en el que los actores reducen el contacto de manera aleatoria. La línea dorada representa la curva de infección cuando los actores emplean nuestra primera estrategia (es decir, buscan similitudes). La línea verde modela nuestra segunda estrategia triádica de fortalecer las comunidades y representa la curva de infección asociada. Finalmente, la línea roja oscura muestra cómo se desarrollan las infecciones cuando los actores emplean nuestra tercera estrategia de repetir el contacto en burbujas.



Las curvas comparan cuatro estrategias de reducción de contacto con el modelo nulo de no distanciamiento social. La estructura de red subyacente incluye 2.000 actores y las características de red de referencia descritas en el texto principal.


Nuestras tres estrategias reducen sustancialmente la propagación del virus en comparación con la ausencia de intervención o el simple distanciamiento social no estratégico. El enfoque más efectivo es la reducción estratégica de la interacción con contactos repetidos. En comparación con la estrategia de reducción de contacto aleatorio, la curva de infección promedio retrasa el pico de infecciones en un 37%, disminuye la altura del pico en un 60% y da como resultado un 30% menos de individuos infectados al final de la simulación. Esto es marginalmente más eficiente que la estrategia de fortalecimiento de la comunidad y la estrategia de búsqueda de similitud, en este orden (valores respectivos: retraso del pico: 34 y 18%, disminución de la altura del pico: 49 y 44%; reducción de individuos infectados: 19 y 2 %) Tenga en cuenta que estas métricas no pueden interpretarse como estimaciones generales de la eficiencia de estas estrategias en redes del mundo real.

Resumiendo los análisis de sensibilidad y robustez presentados a continuación, la reducción de contacto estratégico tiene un efecto sustantivo en el aplanamiento de la curva en comparación con el simple distanciamiento social de manera consistente en todos los escenarios. Sin embargo, ocurren variaciones interesantes. Las curvas de infección promedio completas y una descripción de los resultados para todas las variaciones del modelo se presentan en las Figs de datos extendidos. 1–7 e información complementaria.

Diferentes operacionalizaciones de homofilia

En el modelo de referencia, la estrategia de búsqueda de similitud se empleó en un atributo demográfico. Sin embargo, en las redes sociales del mundo real, los individuos son homófilos en múltiples características36. Además, el modelo de referencia solo utiliza la homofilia demográfica, mientras que anteriormente también discutimos la importancia de la homofilia geográfica. En una variación de la estrategia de búsqueda de similitud, mostramos que el uso de la homofilia geográfica para la reducción del contacto es altamente eficiente, mucho más que la homofilia basada en atributos demográficos (Datos extendidos, Fig. 1b). La homofilia geográfica o similitud elimina efectivamente los contactos con otros distantes en la red. En otro análisis, comparamos los beneficios de usar una dimensión de la homofilia demográfica o un compuesto de dos dimensiones que estructuran la red. Esto explora si deberíamos enfocarnos en interactuar con personas similares en una dimensión dedicada o buscar otras que sean similares en múltiples dimensiones simultáneamente. De manera alentadora, el enfoque en una dimensión estratégica de la homofilia proporciona resultados similares a la reducción de la distancia demográfica en ambas dimensiones. En nuestro ejemplo limitado, esto significa que la homofilia solo puede fomentarse en la dimensión que tiene menos consecuencias adversas para la cohesión social, en oposición a la reducción en ambas dimensiones. Las curvas de infección se presentan en Datos extendidos Fig. 1c, d.


Empleando estrategias mixtas

Dado que la mayoría de las personas en un mundo posterior al cierre necesita interactuar en múltiples círculos sociales (por ejemplo, lugar de trabajo, familia extensa, etc.), emplear una sola estrategia podría no ser práctico. Por lo tanto, una combinación de diferentes estrategias podría ser más realista para el uso diario. Probamos cómo cuatro combinaciones posibles de estrategias de mezcla (tres combinaciones de dos vías y una combinación de tres vías) se comparan con las estrategias individuales de búsqueda de similitud y fortalecimiento de las comunidades. Descubrimos que las estrategias combinadas son comparativamente tan efectivas como las estrategias individuales (ver Datos extendidos, Fig. 2) y pueden recomendarse como alternativas si las estrategias individuales no son practicables en algunos contextos. Es importante destacar que cada combinación funciona mejor para limitar la propagación de la infección en comparación con la estrategia de reducción de contacto ingenua.

Variar el número de actores en la simulación.

La complejidad computacional de nuestra simulación prohíbe evaluar la dinámica de la enfermedad en redes muy grandes (por ejemplo, más de 100,000 actores), incluso en grandes sistemas distribuidos. Sin embargo, podemos comparar simulaciones utilizando la misma topología de red local que el modelo de referencia en redes de 500, 1,000, 2,000 y 4,000 actores. De manera tranquilizadora, no encontramos variación de la efectividad relativa de las diferentes estrategias de interacción según el tamaño de la red (ver Datos extendidos, Fig. 3). Si bien esto no permite la extrapolación por completo a redes muy grandes, brinda apoyo inicial de que la propagación de la enfermedad según el modelo podría ser similar dentro de subregiones de diferentes tamaños de redes más grandes del mundo real.

Variando la estructura de red subyacente

El proceso de generación de la red de tipo ideal que proporciona la estructura de oportunidades entre las personas con las que pueden interactuar contiene múltiples grados de libertad. Estos incluyen el número promedio de contactos y la importancia de diferentes focos (geografía, grupos y atributos) en la estructuración del contacto. Proporcionamos curvas de infección para múltiples escenarios en las Figs. 4 y 5, que muestran que nuestras estrategias funcionan en gran medida independientemente de la estructura subyacente. Un primer hallazgo notable de estas simulaciones es que en las redes con menos oportunidades de conexión, todas las estrategias tienen beneficios mucho mayores en comparación con las redes con más oportunidades de conexión (Datos extendidos Fig. 4c, d). De hecho, la estrategia de fortalecimiento de la comunidad ya no parece funcionar en escenarios con conectividad promedio muy alta en la red subyacente, probablemente debido a una gran cantidad de triángulos cerrados. Esto muestra que en las comunidades que tienen una conectividad más baja, la propagación se puede contener aún más eficazmente. Como segundo hallazgo, vemos que en los casos en que la red subyacente no está estructurada por homofilia, la estrategia de búsqueda de similitud no funciona (Datos extendidos, Fig. 5c), lo que ilustra cómo la estrategia se basa en características de red estructural predeterminadas.

Variación en la infecciosidad y la duración del período expuesto.

Las diferencias en la infecciosidad del virus y las variaciones del tiempo durante el cual los individuos están en el estado expuesto en relación con el estado infeccioso no influyen en la efectividad relativa de las diferentes estrategias, y las curvas de infección promedio se presentan en las Figs de datos extendidos. 6 y 7, respectivamente.

Discusión

En ausencia de una vacuna contra COVID-19, los gobiernos y las organizaciones enfrentan presiones económicas y sociales para abrir sociedades de manera gradual y segura, pero carecen de evidencia científica sobre cómo hacerlo. Proporcionamos estrategias claras basadas en redes sociales para capacitar a las personas y organizaciones a adoptar patrones de contacto más seguros en múltiples dominios al permitir que las personas diferencien entre contactos de alto y bajo impacto. El resultado también puede ser un mayor cumplimiento, ya que permite a las personas ajustar y controlar estratégicamente sus propias interacciones sin que se les solicite aislarse por completo. En lugar de políticas generales de autoaislamiento, el énfasis en contactos similares, comunitarios y repetitivos es fácil de entender e implementar, lo que hace que las medidas de distanciamiento sean más apetecibles durante períodos de tiempo más largos.

¿Cómo se puede aplicar esto a la configuración del mundo real? Cuando un cierre firme ya no es obligatorio o recomendado, las personas querrán o necesitarán interactuar en diferentes círculos sociales (por ejemplo, en el lugar de trabajo o con una familia más amplia). En algunos de estos entornos, puede que no sea posible buscar similitudes (por ejemplo, en escuelas en las que se unen profesores y alumnos de diferentes edades). En consecuencia, las simples recomendaciones estratégicas individuales que analizamos en la mayoría de las simulaciones pueden ser imposibles de seguir estrictamente para algunos. Nuestro análisis de sensibilidad utilizando estrategias mixtas aborda esta preocupación. Por ejemplo, ¿mezclar las tres estrategias todavía proporciona beneficios o se contrarrestan? De manera tranquilizadora, nuestros resultados muestran que una combinación de estrategias aún proporciona beneficios comparables a las estrategias individuales, y todas funcionan considerablemente mejor que simplemente liberar una compuerta de contacto no estratégico completo; sin embargo, se necesitan más modelos para evaluar las implicaciones en una variedad de contextos. Al abordar este problema desde una perspectiva política, el diseño de pasos para facilitar el bloqueo puede hacerse teniendo en cuenta las posibles recomendaciones de comportamiento: si las estructuras de red y las características demográficas de los individuos en regiones particulares sugieren que el uso de una estrategia arrojará los mejores resultados, decisiones sobre qué oportunidades de contacto permitir (como abrir escuelas o tiendas locales) podrían tomarse para que esta estrategia se pueda cumplir más fácilmente.

Un segundo punto de discusión se refiere a las posibles consecuencias no deseadas de recomendar nuestra comunidad de fortalecimiento y buscar estrategias de similitud. Nuestros análisis y razonamientos claramente no deben usarse para justificar ninguna forma de segregación de grupos raciales o sociales o ideas vulgares similares. Más allá de las obvias consecuencias éticas y sociales, la segregación en grupos tan grandes no sería efectiva para frenar la propagación del virus, ya que la reducción de contactos estratégicos se basa en limitar el contacto a muchas pequeñas regiones de red conectadas que no se dividen en grupos grandes. Reconocemos que abogar por la creación de pequeñas comunidades y el contacto con otras en su mayoría similares en algunas dimensiones podría resultar en la reducción a largo plazo del contacto intergrupal y un aumento asociado en la desigualdad37. En nuestras simulaciones, exploramos esta preocupación comparando los escenarios cuando se forman lazos homófilos en la red subyacente siguiendo similitudes en múltiples dimensiones (por ejemplo, edad e ingresos). Nuestra prueba de si minimizar la diferencia general en los dos atributos modelados de los contactos versus solo reducir la homofilia en una dimensión sugiere que elegir un atributo destacado ya puede ser muy efectivo. Estos hallazgos proporcionan evidencia preliminar de que los formuladores de políticas podrían tomar decisiones inteligentes relevantes para su contexto local al decidir a qué atributo deben prestar atención las personas, teniendo en cuenta las posibles consecuencias sociales. Sin embargo, combinar similitudes en dos atributos de nivel individual simulados en un solo indicador es muy probable que subestime la complejidad de cómo se cruzan múltiples rasgos individuales y estructura la interacción social. Nuestras conclusiones sobre la interseccionalidad de múltiples rasgos individuales para la propagación de la enfermedad siguen siendo tentativas. Esto pone de relieve que comprender las consecuencias sociales a largo plazo de qué tipos de espacios públicos se abren y, en consecuencia, qué tipos de interacción están permitidos requiere más investigación y debería ser una preocupación principal en la formulación de políticas. Teniendo en cuenta todas estas consideraciones, por el momento, nuestras simulaciones que exploran el efecto de aumentar la proximidad geográfica y el atractivo teórico de buscar similitudes en la ubicación residencial harían de la similitud geográfica la dimensión preferida al brindar orientación a los responsables de la formulación de políticas.

Tercero, una deficiencia de nuestro estudio de simulación es el número limitado de actores de la red. Si bien variamos el número de nodos de 500 a 4,000 y no encontramos diferencias sustanciales en los resultados, no conocemos la dinámica del modelo en grandes redes de, por ejemplo, más de 100,000 actores. En la implementación actual del modelo, la complejidad computacional aumenta más que linealmente con el número de actores, lo que hace que las simulaciones con tales números sean poco realistas. En consecuencia, se necesita un trabajo algorítmico en la implementación del modelo para extender su aplicabilidad a grandes redes del mundo real, ofreciendo extensiones claras para futuras investigaciones.

A pesar de estas limitaciones, algunas pautas políticas concretas se pueden deducir de nuestras estrategias basadas en la red. Para los trabajadores hospitalarios o esenciales, el riesgo se puede minimizar introduciendo turnos con una composición similar de empleados (es decir, repitiendo el contacto y creando burbujas) y distribuyendo a las personas en turnos basados, por ejemplo, en la proximidad residencial donde sea posible (es decir, buscando similitud ) En los lugares de trabajo y las escuelas, los turnos y las lecciones asombrosas con diferentes horarios de inicio, finalización y descanso por unidades organizativas y aulas discretas mantendrán el contacto en grupos pequeños y reducirán el contacto entre ellos. Cuando se brinda atención privada o en el hogar a las personas mayores o vulnerables, la misma persona debe visitar en lugar de rotar o tomar turnos, y esa persona debe ser la que tiene menos lazos de unión con otros grupos y que vive más cerca (geográficamente). Las reuniones sociales repetidas de personas de edades similares que viven solas conllevan un riesgo relativamente bajo. Sin embargo, en un hogar de cinco personas, cuando cada persona interactúa con diferentes grupos de amigos, se están formando muchos atajos que están potencialmente conectados a un riesgo muy alto de propagar la enfermedad.

En resumen, las reglas de comportamiento simples pueden ser muy útiles para mantener la curva plana. A medida que aumenta la presión durante una pandemia para aliviar las estrictas medidas de cierre, para aliviar las cargas sociales, psicológicas y económicas, nuestro enfoque proporciona información a individuos, gobiernos y organizaciones sobre tres estrategias simples: buscar similitudes; fortalecimiento de las interacciones dentro de las comunidades; e interacción repetida con las mismas personas para crear burbujas.

Métodos de simulación

Disponibilidad de código

Los archivos de replicación para este documento, incluido el código R asociado con todos los cálculos y funciones personalizadas en el entorno estadístico R y un script de ejemplo, están disponibles en Zenodo (https://zenodo.org/record/3782465), un propósito general repositorio de acceso abierto desarrollado bajo el programa europeo OpenAIRE y operado por el CERN.

Referencias bibliográficas

domingo, 12 de abril de 2020

Epidemiología: Modelos SIR, SEIR y SEIRS


Modelación Epidemiológica 102: Todos los modelos CoVID-19 están equivocados, pero algunos son útiles

Bruno Gonçalves || Data for Science


Esta es la segunda publicación de la serie "Modelado de epidemias". Desarrollaremos nuestra discusión desde la primera publicación, "Modelación Epidemiólogica 101: O por qué sus ajustes exponenciales de CoVID-19 son incorrectos", por lo que es posible que desee comenzar a leer allí. Puede encontrar los cuadernos que escribí para implementar los modelos y generar las figuras en el repositorio de GitHub que hice específicamente para esta serie:

Enlace a Github

Lo que sigue es mi perspectiva personal, como individuo con cierta experiencia en el mundo real en modelos epidémicos durante pandemias anteriores y no debería reflexionar sobre ningún grupo o institución con la que pueda estar afiliado.

Entonces, sin más preámbulos ...

Modelos vs el mundo real

Como dijo George E. P. Box, un estadístico, "todos los modelos están equivocados, pero algunos son útiles". Quizás esto nunca sea más cierto que durante una crisis. La información es limitada, a menudo incorrecta, pero las decisiones deben tomarse e implementarse en función de lo que se conoce en ese momento.

También es durante una crisis en curso que los modelos juegan su papel más fundamental, el de permitirnos explorar escenarios y trabajar a través de las consecuencias de nuestras decisiones:



XKCD: "Recuerde, los modelos no son para contarle hechos, son para explorar dinámicas. Este modelo aparentemente explora el viaje en el tiempo ”

Sin embargo, se debe tener cuidado para evitar confundir el modelo con la realidad. Después de todo, "el mapa no es el territorio". El desarrollo de un modelo, independientemente del dominio de aplicación, generalmente sigue un patrón común:

Se crea una versión simplificada del mundo, a la que se puede aplicar un enfoque de modelado específico, lo que resulta en un modelo de trabajo. Las simplificaciones realizadas pueden deberse a una variedad de factores como la falta de datos específicos, la complejidad excesiva, la intratabilidad, entre otros. El enfoque de modelado elegido está influenciado y ayuda a impulsar las suposiciones que se hacen, lo que a menudo resulta en la sobreabundancia estereotípica de los físicos preocupados por las Vacas Esféricas o tratando de aplicar Ising Spins a todos los problemas posibles.

Una vez que se obtiene un modelo de trabajo, podemos usarlo para explorar escenarios, las consecuencias de decisiones específicas, etc. Finalmente, al estudiar los escenarios generados por nuestros modelos, las decisiones se toman en el mundo real. Gráficamente tenemos:



Naturalmente, esta es una vista simplificada y esquemática (y un modelo en sí mismo) para ayudar a ilustrar los diversos puntos en los que nuestros esfuerzos de modelado pueden salir mal, lo que hace que los resultados de nuestros modelos difieran de lo que realmente observamos en el mundo real .

Si bien en muchos casos, los desajustes entre el modelo y la realidad se remontan a errores cometidos durante el proceso, también pueden deberse al hecho de que nuestro modelo fue exitoso y resultó en la adopción de medidas apropiadas para evitar los escenarios indeseables que predijo . Esto es especialmente cierto en el caso de modelos altamente visibles que se utilizan para guiar las decisiones e intervenciones gubernamentales, como en el caso de una pandemia en curso como la que estamos viviendo ahora:

“La función más importante de los modelos epidemiológicos es la simulación, una forma de ver nuestro futuro potencial con anticipación y cómo interactúa con las elecciones que hacemos hoy. Con los modelos COVID-19, tenemos un objetivo simple y urgente: ignorar todas las ramas optimistas y ese tronco grueso en el medio que representa los resultados más probables. En cambio, debemos centrarnos en las ramas que representan los peores resultados y podarlas con todas nuestras fuerzas. El aislamiento social reduce la transmisión y ralentiza la propagación de la enfermedad. Al hacerlo, corta ramas que representan algunos de los peores futuros. El rastreo de contactos atrapa a las personas antes de que infecten a otros, podando más ramas que representan catástrofes no controladas ". - Zeynep Tufecki, The Atlantic

Es este tipo de malentendido lo que lleva a la desconfianza pública en los modelos científicos en particular y en la Ciencia en general.


Espero que esto (y muchas otras publicaciones) pueda ayudar al público en general a comprender las suposiciones, el poder y las limitaciones subyacentes de los modelos científicos y cómo se les puede dar un buen uso.

Modelo Susceptible-Infeccioso-Recuperado (SIR)


Ahora que hemos establecido las ventajas y limitaciones de usar modelos para comprender el mundo, podemos comenzar a explorar cómo mejorar los modelos simples que presentamos en la publicación anterior.



Modelo SIR

El modelo SIR es uno de los modelos epidémicos más simples y conocidos. Su popularidad se debe, en gran parte, a su capacidad para establecer un equilibrio perfecto entre simplicidad y utilidad. Todavía es relativamente susceptible de exploración matemática y analítica, mientras que al mismo tiempo es capaz de capturar las características fundamentales del proceso epidémico: las personas sanas (susceptibles) se infectan cuando entran en contacto con individuos infecciosos solo para finalmente recuperarse después de un cierto período de tiempo El proceso se ilustra esquemáticamente en la figura en la parte superior de esta sección.

Este modelo se puede escribir matemáticamente usando un conjunto simple de ecuaciones diferenciales parciales:



Modelo Susceptible-Infeccioso-Recuperado

Que se puede integrar numéricamente para obtener los valores de cada compartimento en función del tiempo, tal como se hizo en la publicación de blog anterior:


Fracción de la población en cada compartimento en función del tiempo.

Si bien este tipo de ecuaciones puede ser útil para explorar resultados analíticos para modelos simples como el modelo SIR, rápidamente se vuelven difíciles de manejar para modelos más complejos. Sin embargo, es fácil notar cómo tienen una correspondencia biunívoca con la ilustración de arriba:

  • Las interacciones corresponden a términos que involucran dos compartimentos y el número total de individuos en la población:

Término de interacción

  • Si bien las transiciones espontáneas corresponden a términos que involucran un solo compartimento:

Término espontáneo

  • El signo de cada término está determinado por si la ecuación que estamos considerando corresponde a los compartimentos "fuente" u "objetivo". En particular, los compartimentos de "agente" no se ven afectados a menos que también sean "objetivos".

Esta correspondencia uno a uno entre las transiciones y los términos nos permite simplemente "elaborar" modelos arbitrariamente complejos que pueden implementarse trivialmente usando código genérico (como el de EpiModel.py) sin tener que escribir y depurar todas las reglas " a mano ".

En el resto de la discusión, nos centraremos en discutir los supuestos y detalles de los diversos modelos, evitando en la medida de lo posible el uso de expresiones matemáticas complejas.

Período de incubación

Una de las principales limitaciones del modelo SIR es el hecho de que la infección se desarrolla instantáneamente sin ningún período de incubación. Recordará por noticias recientes que este no es un escenario muy realista y que la incubación o el período latente es uno de los factores más importantes que deben entenderse para contener una epidemia: durante cuánto tiempo debe mantenerse bajo vigilancia un caso sospechoso hasta que podamos estar seguros de que la persona no se infectará?

Podemos abordar esta limitación agregando un paso adicional (compartimento) a nuestro modelo epidémico: el compartimento expuesto (o latente). Cuando una persona susceptible entra en contacto con una persona infecciosa, él / ella se traslada a la zona expuesta, desde la cual pasa al compartimento infeccioso a una velocidad fija ε. Mientras que en el compartimento expuesto se dice que la persona está "incubando" la enfermedad, posiblemente incluso comienza a desarrollar síntomas, pero aún no puede infectar a otras personas. El modelo resultante se conoce como el modelo Susceptible-Expuesto-Infeccioso-Recuperado (SEIR):



Modelo SEIR


Aquí tenemos 4 compartimentos distintos conectados por una transición interactiva y dos espontáneas:


Transiciones SEIR

Y la evolución de los diversos compartimentos es simplemente:



Aquí destacamos que la adición del compartimento adicional no modificó el número total de personas que se infectaron, pero tiene un fuerte impacto en la evolución temporal de la epidemia, retrasando significativamente y ampliando el pico de casos infecciosos. Efectivamente "aplana" la curva:


Comparación de picos epidémicos entre los modelos SIR y SEIR.

Debe quedar claro cómo esto tiene un impacto directo en la probabilidad de que el sistema de salud se vea abrumado y la duración necesaria de cualquier medida de cuarentena impuesta: un pico más bajo reduce el estrés en el sistema de salud, mientras que una duración más larga implica un período social más prolongado. El distanciamiento es necesario.

Inmunidad Temporal

Otra suposición fundamental que subyace en el modelo SIR es la idea de que las personas recuperadas son inmunes permanentemente a la enfermedad. Si bien este es el caso con muchas enfermedades comunes, ha habido algunos informes de pacientes con CoVID-19 reinfectados después de la recuperación.

La reinfección en un período de tiempo tan corto es poco probable (incluso la inmunidad temporal generalmente dura unos pocos meses o años) y es más probable que estos casos se deban a pruebas defectuosas, pero ciertamente es una posibilidad que debe considerarse.

Simplemente agregando una transición espontánea desde el compartimento Recuperado de regreso al compartimento Susceptible, obtenemos los SEIRS (¿puedes adivinar qué significan las letras? 😀):


Modelo SEIRS

Esta adición aparentemente inocua al modelo tiene un efecto muy importante. Al permitir que los individuos recuperados se vuelvan susceptibles una vez más, reponemos al grupo de personas que una vez más pueden infectarse. El resultado final es que la epidemia nunca se agota (su combustible nunca se agota) y la enfermedad se vuelve endémica, ¡y una fracción constante de la población permanece infectada!




Estado final endémico del modelo SEIRS

La tasa ρ a la que se pierde la inmunidad tiene un efecto determinante en el progreso de la epidemia y el aumento de la endemicidad. Si ρ es suficientemente pequeño (la inmunidad es más duradera), incluso podemos tener varios picos epidémicos antes de alcanzar el estado estable de una fracción fija de la población.



Población expuesta e infecciosa en el modelo SEIRS

La aparición del pico se debe al hecho de que la inmunidad temporal que brinda la enfermedad es lo suficientemente larga como para permitir que la epidemia siga la mayor parte de su curso antes de que el número de Susceptibles comience a aumentar nuevamente, agregando combustible al fuego.
 

Casos asintomáticos

En muchas enfermedades, una fracción significativa de individuos infectados permanece asintomática durante el curso de la enfermedad. En el caso de la influenza estacional, este número generalmente es de alrededor del 33%, mientras que para CoVID19 se cree que el número es del 40% o más, lo que sesga significativamente el número total de casos.

Los individuos asintomáticos a menudo son menos infecciosos que aquellos que presentan síntomas en alguna fracción rᵦ. Podemos modelar su efecto dividiendo el compartimento infeccioso en dos: un sintomático, Is, y un asintomático, Ia. Una fracción pₐ de todos los expuestos se vuelve asintomática mientras que el resto (1-pₐ) desarrolla síntomas. Nuestro modelo es entonces:






Como ahora tenemos dos compartimentos infecciosos, también debemos rehacer nuestro cálculo de Rₒ. Afortunadamente, la modificación es simple: dado que hemos dividido el compartimento infeccioso original en dos, nuestro valor de β es simplemente el promedio ponderado del original y el β reducido.


Podemos verificar fácilmente que si rᵦ es 1 recuperamos el valor SIR original, mientras que si rᵦ es 0 (el asintomático y completamente no infeccioso) reducimos el Rₒ original en un factor de (1-pₐ) ya que efectivamente tenemos mucho población infecciosa más pequeña.

Para mantener el mismo valor de Rₒ simplemente calculamos el valor de β como:


Este enfoque facilita la comparación de los resultados de ambos modelos, ya que ambos tienen el mismo valor de Rₒ.

A medida que agregamos más y más compartimentos a nuestros modelos, la población de cada compartimento individual se hace más pequeña.


Estructura compartimental del modelo sintomático / asintomático

Podemos verificar fácilmente que el valor de Rₒ sigue siendo el mismo que antes observando las curvas recuperadas y susceptibles al final de la epidemia. Por otro lado, ahora tenemos 3 compartimentos infectados distintos, 2 de los cuales son infecciosos y pico al mismo tiempo y unos días después de la población expuesta:


Comparación de picos entre los tres compartimentos infectados

Aquí debemos tener en cuenta que decidimos explícitamente mantener la tasa de recuperación, μ para individuos sintomáticos y asintomáticos. Si los hubiéramos elegido para ser diferentes, los picos ocurrirían en diferentes momentos y la expresión para Rₒ tendría que revisarse aún más.

Tasa de mortalidad

Finalmente, observamos el efecto de considerar explícitamente la mortalidad. Suponemos que solo los casos sintomáticos mueren por la enfermedad o, de manera similar, que cualquier individuo asintomático que muera por la enfermedad no se cuenta como tal. Si suponemos que una fracción pd de casos sintomáticos termina muriendo, nuestro modelo se convierte en:



Por lo tanto, ahora tenemos 6 compartimentos y un total de 7 transiciones y 6 parámetros, que indican cómo cuantos más detalles incluimos, más complejo se vuelve el modelo y se deben especificar más parámetros. En los primeros días de una epidemia, la mayoría, si no todos, de estos parámetros son parcial o completamente desconocidos. A medida que avanza la epidemia, se recopila cada vez más información y se pueden utilizar modelos más detallados. Este refinamiento constante también ayuda a mejorar la confiabilidad de los escenarios que podemos analizar y las decisiones tomadas.

Si suponemos que el 10% de los casos sintomáticos finalmente mueren, tenemos:



Cabe señalar que la tasa de mortalidad del 10% es enorme y poco realista para el tipo de enfermedades que estamos considerando. La razón por la que elegimos un número tan grande es para hacer que los efectos sean obvios al trazar.

Al incluir la posibilidad de muerte, el número de individuos recuperados se reduce naturalmente, a pesar de que ninguno de los parámetros de la enfermedad ha cambiado. Si nos centramos solo en la relación entre los compartimientos más significativos que tenemos:



El número total de muertos se puede estimar fácilmente. Sabemos que para nuestro conjunto de parámetros, el 80% de la población finalmente se infecta. De ellos, el 60% son sintomáticos y de ellos, el 10% finalmente muere, por lo que esperamos que el número total de casos fatales sea del 4,8%, como se muestra en la gráfica anterior.

Este valor es significativamente menor que la tasa de mortalidad real para los casos sintomáticos. Esto se debe al hecho de que el número de casos recuperados se infla por los casos asintomáticos más leves.

domingo, 29 de marzo de 2020

Aplanar la curva del corona virus

Sobre epidemias, transmisión y aislamiento


Juan M.C. Larrosa


La reciente pandemia de corona virus COVID-19 ha cambiado la vida en el Mundo. El aislamiento y la desconexión social obligatoria están siendo la norma en gran parte de los países que registran casos y en aquellos en los que existe riesgo de que potencialmente ello ocurra. Las empresas emiten órdenes para que sus empleados se queden en casa al igual que el gobierno con los empleados públicos, las escuelas dictan sus programas en línea, los eventos masivos se cancelan, la circulación vehicular es restringida, entre tantos otros ejemplos. ¿Por qué tomar tan drásticas medidas? Han existido otras pandemias y epidemias, ¿qué es lo que hace a ésta en particular tan restrictiva en la vida cotidiana?


Para ello la ciencia ha desarrollado desde hace siglos modelos epidemiológicos. El análisis de redes sociales ha añadido formas gráficas y formales adicionales al análisis matemático más tradicional. En un ejemplo simple, una red se compone de agentes o nodos que interactúan estando algunos infectados inicialmente con una enfermedad transmisible. La interacción genera un lazo o enlace entre dos agentes y si alguno está infectado se lo transmite al segundo. Esa transmisión depende muy específicamente del tipo de enfermedad que se esté modelando. En el caso del COVID-19 es mayormente por contacto (aunque se sabe que el virus sobrevive 3 horas en el aire) con alguna parte del cuerpo o zona tocada por el infectado. En otros tipos de enfermedades, como las enfermedades sexuales, el contacto transmisor es obviamente muy diferente. Sin embargo todo el tiempo interactuamos y contagiamos miles de virus entre todos nosotros. Y aquí emerge la cuestión de la inmunidad. Si un agente se encuentra inmunizado (sea por haber creado anticuerpos dado que ya sufrió la enfermedad o por haberse vacunado contra la misma) entonces el contacto puede emerger indemne resultando no infectado. Estos anticuerpos que se pueden generar una vez el cuerpo haya sufrido la afección se espera siempre que generen en la población una inmunización colectiva, como ha ocurrido a gran parte de las enfermedades estacionales que sufrimos. Sin embargo, el COVID-19 demuestra ser extremadamente contagioso y agresivo una vez instalado en el organismo. Y aquí es donde surge el problema de lo que podría ser una gripe tradicional: el ataque es tan fuerte que requiere el uso de internación y servicios médicos de urgencia, esos que como su nombre lo indica están abastecidos en cantidades asociadas a la probabilidades normales de surgimiento de emergencias y no para abastecer al mismo tiempo a una población general completa. Sin esta prestación, el paciente víctima del virus no llega a recuperarse y puede morir, con ello obviamente haciendo extremadamente costoso el proceso de inmunización colectiva. Diversos protocolos se han implementado con relativo éxito en diversos sistemas de salud como Corea del Sur, Singapur y Japón que han reducido la velocidad de transmisión del contagio. El resto de las naciones está sufriendo la curva exponencial ascendente de los contagios que colapsa los sistemas de salud. Ese efecto es el que se denomina aplanar la curva. Es decir, quitarle la expansión exponencial del contagio para permitir que los sistemas de salud puedan aceptar los pacientes que ingresan con necesidad de atención de urgencia. La cuarentena o aislamiento obligatorio es una medida eficiente cuando el sistema de salud no tiene una escala de atención o posee tecnología insuficiente. Ello hace que el contagio tarde forzosamente más, quitándole exponencialidad a la curva de afectados lo que hace más probable que la infraestructura de salud atienda a las víctimas en estadios más avanzados de la enfermedad.

Veamos un ejemplo simple.

Imaginemos 100 personas, conectadas en distinto grado, sujetas a contagio por contacto, de modo que exista una posibilidad alta de contagio y baja de recuperarse en tiempo (como el COVID 19). Los nodos o círculos representan a personas. El color rojo indica personas con corona virus, los verdes personas susceptibles (es decir que todavía no han sido infectados pero podrían serlo) y podría haber nodos azules recuperados de la infección y ya inmunizados pero actualmente existen muy pocos casos por que supondremos que la tasa de inmunización es cero todavía. Podemos apreciar qué quiere decir aplanar la curva. En Gráfico 1 a continuación se compone de ocho gráficos más pequeños en los que se pueden observar una red arriba y un gráfico temporal debajo que mide la evolución del contagio una vez iniciado a través de un nodo infectado inicial que se observa en cada ejemplo de red a la izquierda. Vamos observar dos escenarios: la red superior con alta conectividad (el número de contactos en promedio, técnicamente grado promedio, por cada nodo es 10) y en escenario debajo la conectividad baja a 1. Eso se aprecia claramente en la primera red con muchas líneas (llamadas enlaces) partiendo de los nodos mientras que en la segunda red debajo se aprecian muchos nodos aislados (sin enlaces). El primer escenario es seguir la vida como la venía teniendo, el segundo es el aislamiento o cuarentena.

Partiendo del nodo de contagio inicial la simulación muestra cómo, a través de los enlaces, ese virus se transmite al resto de la red. Ello es cuantificado en el gráfico temporal debajo en la red altamente conectada como el contagio alcanza a todos los nodos muy rápidamente mientras que en el gráfico temporal inferior, con baja conectividad, el virus queda aislado en el lugar donde se hallaba el nodo de contagio inicial y no se disipa al resto de la red. La curva de evolución en este segundo caso es mucho más aplanada que en el primer caso.


Gráfico 1. Simulación de transmisión con dos escenarios de conectividad



El aplanamiento de la curva de contagio es la manera más fácil de lograr frenar el contagio aunque es evidente que es enormemente costosa en términos de nivel de actividad. Sobre todo en ciudades donde el grado de interacción promedio se eleva a valores mucho mayores que 10 de forma cotidiana (Eubank y otros, 2004).

Finalmente, las formas de control de contagio adoptadas en otros países que han logrado aplacar la curva han recaído en procesos de control de la ciudadanía a través de smartphones (China, Corea del Sur), con atención temprana de casos sospechosos y pruebas inmediatas para detectar infectados (Singapur), en un ataque sistémico para tratar de identificar y tratar cada caso en su territorio. La detección temprana permite trabajar directamente con ese caso, lograr reestablecerlo utilizando los servicios de urgencia e internación y con ello inmunizarlo. En general, los países que han tomado medidas más agresivas más temprano son quienes están mostrando curvas de contagio más aplanadas. Países que han tardado más como Irán, Italia o España están mostrando curvas lamentablemente más empinadas.


Referencias

Eubank, S., Guclu, H., Anil Kumar, V. S., Marathe, M. V., Srinivasan, A., Toroczkai, Z., & Wang, N. (2004). Modelling disease outbreaks in realistic urban social networks. Nature, 429(6988), 180–184. doi:10.1038/nature02541






sábado, 28 de diciembre de 2019

Esculturas de redes de realidad aumentada


Esculturas de red aumentadas

Agoston Nagy || Startup




Su artículo presenta una colaboración continua entre la Universidad de Arte y Diseño Moholy-Nagy (Budapest, H) y Barabasi Lab (Boston, EE. UU.). El objetivo del proyecto es unir redes espaciales físicas impresas en 3D con sus correspondientes capas de información de fondo utilizando la realidad aumentada. Dado que un modelo virtual está alineado con la escultura de red impresa real, la audiencia puede revelar capas de información navegando sobre diferentes capas de la realidad: interactuando con un dispositivo móvil táctil en su pantalla, pero también, navegando en el espacio real moviéndose El dispositivo alrededor. Usando los sensores de movimiento integrados, el giroscopio y la imagen de la cámara en tiempo real, el resultado es una experiencia de realidad mixta, donde la información digital en capas se conecta a la escultura de red física real.

Un taller


Después de una lluvia de ideas inicial con el científico de redes László Albert Barabási, comenzamos el proyecto con un taller en el campus MOME con Mihály Minkó, donde se invitó a diseñadores, artistas, ingenieros y personas de diferentes campos de las humanidades. Estábamos investigando formas de cómo podemos mezclar el lenguaje de la realidad aumentada con los problemas de visualización de la red. Se dieron dos conferencias teóricas como punto de partida, que abordan las taxonomías de la realidad aumentada (y sus correspondientes modelos cognitivos de las diferentes modalidades del espacio) y la topología de la red: visualización, comprensión de las estructuras de redes complejas y sin escala.


Algunas diapositivas de la conferencia.

El pensamiento colaborativo, los ajustes y la cultura del bricolaje también son una parte crucial de la metodología de nuestro taller, por lo que obtuvimos algunos componentes de plástico que consisten en bloques de construcción simples para ensamblar diferentes sistemas moleculares, y los participantes tuvieron que construir redes simplificadas por su cuenta. Las instrucciones se basaron en algunos datos extremadamente filtrados y limitados que obtuvieron en sus manos, sentados alrededor de una mesa, construyendo el objeto juntos, independientemente de sus antecedentes profesionales. Esta forma de diseño colaborativo abre conversaciones significativas, invoca varias preguntas sobre el tema que el grupo está investigando. Como resultado del taller, obtuvimos algunas ideas interesantes sobre los conceptos de navegación dentro de la realidad aumentada, también tuvimos una experiencia de primera mano sobre cómo se pueden crear redes, nodos y sus enlaces.

Diferentes conceptos espaciales para la realidad aumentada portátil

Dado que las redes son estructuras abstractas en sí mismas, visualizarlas en otro modelo abstracto (realidad aumentada) es aún más desafiante, estamos construyendo algo que ninguno de nosotros había experimentado antes.

Hasta aquí todo bien. Parece que

Los métodos de comprensión de redes y relaciones complejas se pueden aprender y comprender mejor si tenemos experiencia práctica con respecto a una estructura (construcción, combinación, reestructuración de partes y piezas) además de leer teorías y conceptos abstractos solamente.



Colocar contenido virtual en una red física simple

La realidad aumentada es un campo emergente de comunicación visual, que tiene mucho potencial, lo que significa que también necesita mucha experimentación práctica. Como el paradigma computacional donde la fusión del espacio real y los algoritmos comenzaron con la navegación náutica, nuestro tiempo también está lidiando con el mismo paradigma con nuevos métodos. Hoy en día, las personas tienen que combinar el espacio físico real con capas de contenido virtual: estos son los conceptos básicos de la computación consciente del espacio, donde tenemos que construir el lenguaje para la próxima era del diseño computacional.

Contar historias significativas dentro de este espacio híbrido es un concepto muy novedoso para creadores de contenido, diseñadores e ingenieros. Comprender el contexto de estos escenarios complejos involucra a personas de diferentes profesiones, incluidos ingenieros, humanidades (literatura, semiótica, etc.), científicos cognitivos, expertos en visualización y, lo que es más importante, expertos que se ocupan de las consecuencias éticas y biológicas de la tecnología, como como inteligencia artificial y diferentes capas de realidad.

Taller de Realidad Aumentada y Ciencia de Redes (MOME, 2019)

Un prototipo

El objetivo de la colaboración entre los dos institutos es encontrar y construir visualizaciones significativas para estas interrelaciones conceptuales entre el espacio, los datos y su representación. Es un viaje interesante para crear una nueva estética basada en datos y redes, donde los conceptos científicos son más fáciles de comprender para las personas que están fuera de los círculos académicos de diseño o comunidades científicas.

Comenzamos a construir un prototipo de iOS en C ++ (OpenFrameworks) que se basa en la plataforma de realidad aumentada de Apple, ARKit. Estamos utilizando puntos de características de la alimentación de la cámara del dispositivo para construir, cargar y guardar coordenadas mundiales que están conectadas a la escultura de la red física. También utilizamos la misma aplicación para representar contenido virtual en la pantalla, usando OpenGL combinado con el Metal de Apple como el procesador gráfico.


Proceso de calibración en el prototipo.

La interfaz de usuario y el ciclo de vida de la aplicación se basan en componentes personalizados, no hay elementos y módulos integrados específicos del sistema operativo que se utilicen, lo que conduce a una portabilidad más fácil y una estrategia de desarrollo multiplataforma a prueba de futuro. El prototipo más tarde se puede portar a la plataforma ARCore de Android u otros sistemas operativos de la próxima industria de realidad montada en la cabeza.

El uso de la aplicación está destinado a ser "consciente del espacio", lo que significa que está utilizando algunos conceptos especiales más allá de las rutinas de navegación convencionales (como tocar, deslizar, pellizcar, etc.). La distancia del objeto físico real juega un papel extremadamente importante en la experiencia.

El concepto de aplicación, transformación de datos, diseño y desarrollo se realiza junto con Mihály Minkó. La aplicación está a punto de ser lanzada en 2020 como una parte integrada de las próximas exhibiciones de diferentes redes y esculturas generativas hechas por Barabasi Lab, esta publicación se actualizará, en consecuencia.