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miércoles, 1 de marzo de 2017

Tutorial: Creando redes de co-ocurrencia en Gephi

Creación de una red desde una tabla de elementos co-ocurrentes
Clément Levallois
Clementlevallois@gmail.com
Fuente

Tabla de contenido
Presentación del complemento
1. La entrada
2. La salida
Instalación del complemento
Abrir el complemento
Uso del complemento
Segundo panel
3er panel
Cuarto panel
5º panel
6º panel
7º panel
El fin





Presentación del complemento
Este complemento es creado por Clement Levallois

Convierte una hoja de cálculo o un archivo csv en una red.

Este complemento le permite:

  • Comenzar desde una tabla de datos en formato Excel o csv}
  • En la tabla de datos, cada fila describe una "ocurrencia" (de un evento, una compra, una relación, etc.)
  • En las columnas A, B, C, D, tenemos las entidades involucradas: columna A para personas, columna B para lo que compraron, etc.
  • Las conexiones se crearán entre las entidades, cuando aparezcan en la misma ocurrencia (así, cuando están en la misma fila)
  • Las ocurrencias pueden tener fechas, varias instancias de una entidad se pueden enumerar en una columna determinada.


1. La entrada




Figura 1. Un archivo de Excel


2. La salida


Figura 2. Red resultante


Instalación del complemento


Figura 3. Seleccione el menú Herramientas y luego Plugins



Figura 4. Haga clic en la pestaña Plugins disponibles



Figura 5. Instalar el complemento y reiniciar Gephi


Abrir el complemento


Figura 6. Abra el complemento a través del menú Archivo - Importar


Uso del complemento

Segundo panel


Figura 7. Seleccione un archivo



Figura 8. Un archivo sin encabezados



Figura 9. Un archivo con encabezados


Para describir las siguientes pantallas del complemento, tomaremos el ejemplo del archivo de Excel que acabamos de mostrar, con encabezados.

3er panel


Figura 10. ¿Qué entidades deberían ser los nodos?



¿Qué significa este panel?

Si nos fijamos en el archivo de Excel, veremos que tenemos "Clientes" y sus "Compras".

→ Esto significa que podemos construir 2 tipos diferentes de redes, dependiendo de nuestras necesidades:

1. Una red que muestra clientes y productos, con relaciones que representan compras de un cliente a un producto.


Para crear este tipo de redes, elija "Cliente" en la ventana superior y "Compras" en la ventana inferior de la pantalla del complemento.

2. O una red en la que se conectan 2 productos, si un cliente los procesa.


Para crear este tipo de redes, seleccione "Compras" en las ventanas superior e inferior de la pantalla del complemento.

Cuarto panel


Figura 11. Selección del delimitador que se utiliza


Este tercer panel pregunta: en nuestro archivo de Excel, ¿cómo se separan los diferentes elementos en una celda determinada? En nuestro ejemplo, hemos utilizado comas: las listas de productos comprados están separadas por comas:


Figura 12. Las comas se muestran en rojo


5º panel

Este panel le permite especificar si las relaciones son dinámicas en el tiempo, o no.

En este caso, se necesita una columna adicional (columna C), donde se muestra una fecha. No cubrimos este caso aquí.

(Lea los tutoriales sobre redes dinámicas para un arrancador)

6º panel


Figura 13. Panel de opciones


"Crear vínculos entre agentes de compras y enlaces entre agentes de compras"

→ Si eligió un producto ← → Producto tipo de red en el panel 3, entonces por supuesto está interesado en enlaces entre productos. Marque esta opción.

→ Pero si eligió un cliente ← → Producto tipo de red en el panel 3, lo que necesita es menos obvio.

Tomemos el ejemplo del cliente I, que compró una mesa y algunas sillas:

1. Al cliquear en la casilla se creará una red donde:



1. No marcar la casilla creará una red en la que:



"Eliminar duplicados"
→ Active esta opción si su archivo Excel o CSV tiene filas duplicadas que desea quitar

"Eliminar los auto-bucles"
Si un cliente ha comprado dos tablas dos veces, para que tengamos "tabla, tabla" en una celda: esto crearía un vínculo de tabla a tabla (un autobucle).

→ Marque esta opción si desea que se borren los bucles auto.

7º panel

Este panel repite todas las configuraciones. Haga clic en Finalizar para crear la red.

jueves, 8 de diciembre de 2016

Software: Link Prediction Tool 1.0

Link Prediction Tool 1.0
Una de las principales novedades de Internet han sido las redes sociales, por lo que es necesario conocer su evolución a lo largo del tiempo. Ese es el objetivo principal de la herramienta desarrollada.

La extensión de predicción de enlaces se basa en Gephi utiliza todas sus ventajas. Gephi es el software de visualización y exploración líder de código abierto para todo tipo de grafos y redes.
En resumen, se desarrolló una extensión de Link Prediction dentro de una herramienta de gestión de grafos que representa redes sociales.


Flujo de actividad




Esta es una imagen de los pasos que el usuario debe seguir para llegar a los resultados de la técnica de predicción de enlaces. En primer lugar, es necesario obtener el archivo gráfico de la red social para analizar. Para ello, existen diferentes herramientas o API para cumplir con el objetivo. Además, puede diseñar manualmente la red que se va a analizar o sólo parte de ella con el gestor de grafos.
Entonces el tipo de grafo cargado debe ser reconocido, por lo que Gephi hace ese trabajo para nosotros.


Tipo de grafos

Para llevar a cabo la técnica de Link Predicción es necesario clasificar el tipo de grafo de acuerdo a diferentes factores.

  • Sellos de tiempo en los enlaces
    • Grafo dinámico
    • Grafo estático
  • Tipo de enlace
    • Grafo dirigido
    • Grafo no dirigido
    • Grafo mixto
  • Para informacion adicional
    • Nodos con atributos adicionales
    • Nodos sin atributos adicionales
Según el tipo de grafo cargado hay variaciones para el algoritmo de Link Prediction.


Elección de métricas

El catálogo de métricas desarrolladas se agregó dentro del panel de estadísticas. Hay más de 15 métricas diferentes para seleccionar, y todos calculan la similitud entre dos usuarios de manera diferente.




Además, es posible cancelar la tarea en tiempo de ejecución y también acceder fácilmente a resultados antiguos. Dependiendo de la métrica elegida, los parámetros correspondientes se deben configurar en la aplicación. Por ejemplo, se incluye una captura de la pantalla de configuración




En los grafos dinámicos, el usuario debe definir el tiempo inicial, llamado T0, para tomar ese momento como base, y luego comparar los enlaces que se generaron dinámicamente con respecto a las predicciones. Por otro lado, en los grafos estáticos, es necesario simular el comportamiento anterior. La técnica oculta enlaces aleatorios del grafo, hace predicciones y luego los compara con enlaces ocultos.

Rango de nodos → Define los usuarios o nodos a considerar dentro de la técnica

Número de predicciones → Número de relaciones futuras que cada usuario debe predecir

Generación y evaluación de predicciones


Los tres pasos fundamentales para llevar a cabo la técnica de predicción de enlaces para cada usuario son:
  1. Los enlaces se predicen de acuerdo con los parámetros configurados.
  2. Aquellos que tienen la mayor similitud como predicciones.
  3. Se verifica que las predicciones realizadas corresponden a los enlaces ocultos.

Visualización de resultados





  • Precisión: # Predicciones correctas / # Predicciones
  • Recordar: # Corregir predicciones / # Enlaces ocultos
  • Roc Curve: compara predicciones correctas con respecto a predicciones incorrectas, ya que los valores de similitud varían
  • Área bajo la curva (AUC)
  • Capacidad para exportar o imprimir resultados.


Funciones adicionales


Clustering

  • Calcular la similitud para cada borde del grafo inicial
  • Ordenar clasificación de similitud decreciente
  • Elimina el porcentaje de enlaces irrelevantes


Métricas en un grafo

  • No calcular predicciones
  • Añadir columna para la métrica seleccionada en la tabla de enlaces
  • Asigna similitud entre cada par de usuarios existentes
  • Posibilidad de exportar estadísticas dentro de la tabla de datos

Combinación de métricas

  • Se intenta mejorar el rendimiento de los predictores individuales
  • Combine esas métricas con el mismo tipo de salida
  • Mantiene la flexibilidad en los parámetros
  • Similitud = Promedio de similitudes individuales

Contribuciones

La herramienta permite la predicción de enlaces a través de una interfaz agradable y simple con un amplio catálogo de métricas. Además, la combinación y el pre-procesamiento (agrupación) logran mejorar la calidad de las predicciones.

Descargar el software

jueves, 24 de septiembre de 2015

Nuevo plugin 3D para Gephi

Force Atlas 3D: Nuevo plugin para visualizar los gráficos en 3D con Gephi

Gephi



Hola, Sólo publicado hoy un plugin para visualizar sus redes en 3D con Gephi: Fuerza Atlas 3D. Encuentrelo aquí, picbut puede instalarlo directamente desde Gephi, siguiendo estas instrucciones.

Sus redes 2D ahora se visualizan en el espacio 3D. Efectos de la profundidad y la perspectiva de que sea más fácil de percibir la estructura de su red.

"¿Qué nodo es más central" puede obtener una nueva respuesta, visualmente: nodos "anidadas" dentro de la red son, sin duda interesante de ver.

Este plugin fue escrito en la parte superior de la Fuerza Atlas 2 plugin, desarrollado por Mathieu Jacomy et al. y que usted puede encontrar instalado por defecto en Gephi ya. Gracias a ellos por este gran trabajo!

Ok eso es básicamente la misma. La siguiente es sólo un par de reflexiones sobre el uso del 3D en DataViz.

Hay una gran cantidad de comentarios que hay en la forma en 3D en DataViz es una forma barata para comprar la atención (por ejemplo, aquí), a costa de la calidad del saber. Creo que los diseños 3D para las redes son un caso en que la utilidad de la vista 3D compensa sus costos (oclusión visual desde los nodos se pueden ocultar detrás de la otra, y los posibles sesgos debido a la perspectiva).

En la fase de análisis exploratorio, cuando usted busca patrones y la estructura de la red, añadiendo una dimensión extra realmente ayuda a estos patrones emergen. La centralidad de un nodo se visualiza de una mejor manera, gracias a su posición "anidado" en 3D, con el resto de la red enroscada alrededor.

Otra ventaja interesante es la mejor percepción de las relaciones entre las comunidades de nodos: mientras que en 2D se pueden observar dos comunidades que son vecinos, ya que se tocan entre sí, el cambio a 3D podemos revelar patrones más complejos. Por ejemplo, podrían ser tumbados en dos planos paralelos en la parte superior de la otra, con pocas conexiones entre ellos en realidad.

Sería muy agradable tener movimientos de cámara que permite al espectador a cambiar la red alrededor, dando mejores vistas desde ángulos convenientes. Estoy en contacto con los desarrolladores principales Gephi para ver si eso es posible.

Por último, lo bueno de este plugin es que le permite elegir: interruptor en el 3D, pero cambia de nuevo a la vista 2D cuando quieras. Sólo hay que ver por ti mismo.